①長毎─┬─②頼寛──③頼喬─┬─壱岐守頼泰 ｜ └─宮内少輔頼真 └─主殿助長秀──④頼福─┬─⑤長興 └─⑥長在─┬─⑦頼峯 └─織部頼直──⑧頼央 秋月長門守種美──⑨頼完 遠山佐渡守友明──⑩福将 松平伊予守宗政──⑪長寛──⑫頼徳──⑬頼之─┬─⑭長福 └─⑮頼基
| 将軍 | 隠居 | 相良家当主 | 嫡子 | 記事 | ||
| 長毎 | 天正2(1574) | 相良左兵衛佐長毎：生まれる（父 相良修理大夫義陽） | ||||
| 天正13(1585) | 長毎（12）：相良家相続（肥後人吉城） | |||||
| 慶長5(1600) | 関ヶ原の合戦 長毎（27） 相良壱岐守頼寛：生まれる（父 相良左衛門佐長毎） |
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| 慶長8(1603) | 長毎（30）：従五位下左衛門佐 | |||||
| 家康 | 家康将軍就任 | |||||
| 慶長10（1605） | 長毎（32） | |||||
| 秀忠 | 秀忠将軍就任 | |||||
| 慶長19(1614) | 大坂冬の陣 長毎（41） |
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| 元和1(1615) | 大坂夏の陣 長毎（42） |
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| 頼寛 | 元和2(1616) | 長毎（43） 頼寛（17）：将軍家初見 |
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| 元和6(1620) | 長毎（47） 頼寛（21）：従五位下壱岐守 |
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| 元和9（1623） | 長毎（50） 頼寛（24） |
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| 家光 | 家光将軍就任 | |||||
| 寛永13(1636) | 長毎（63）：卒 | |||||
| 頼寛 | 頼寛（37）：相良家相続（2万2100石） | |||||
| 寛永18(1641) | 頼寛（42） 相良遠江守頼喬：生まれる（父 相良壱岐守頼寛） |
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| 頼喬 | 正保3(1646) | 頼寛（47） 頼喬（6）：将軍家初見 |
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| 慶安4(1651) | 頼寛（52） 頼喬（11） 相良志摩守頼福：生まれる（父 相良主殿助長秀） |
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| 家綱 | 家綱将軍就任 | |||||
| 万治3(1660) | 頼寛（61） 頼喬（20）：従五位下遠江守 |
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| 寛文2(1662) | 頼寛（63） 頼喬（22） 相良壱岐守頼泰：生まれる（父 相良遠江守頼喬） |
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| 寛文4(1664) | 頼寛（65）：致仕 | |||||
| 頼寛 | 頼喬 | 頼喬（24）：相良家相続，柳間詰 | ||||
| 寛文7(1667) | 頼寛（68）：卒 頼喬（27） |
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| 寛文11(1671) | 頼喬（31） 相良宮内少輔頼真：生まれる（父 相良遠江守頼喬） |
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| 頼泰 | 延宝1(1673) | 頼喬（33） 頼泰（12）：将軍家初見 |
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| 延宝4(1676) | 頼喬（36） 頼泰（15）：従五位下壱岐守 |
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| 延宝5(1677) | 頼喬（37） 頼泰（16）：卒 |
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| 頼真 | 延宝8(1680) | 頼喬（40） 頼真（10）：将軍家初見 |
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| 綱吉 | 綱吉将軍就任 | |||||
| 貞享3(1686) | 頼喬（46） 頼真（16）：従五位下宮内少輔 |
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| 元禄1(1688) | 頼喬（48） 頼真（18）：卒 |
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| 頼福 | 元禄3(1690) | 頼喬（50） 頼福（40）：将軍家初見 |
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| 元禄4(1691) | 頼喬（51） 頼福（41）：従五位下志摩守 |
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| 元禄6(1693) | 頼喬（53） 頼福（43） 相良近江守長興：生まれる（父 相良志摩守頼福） |
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| 元禄16(1703) | 頼喬（63）：卒 | |||||
| 頼福 | 頼福（53）：相良家相続 相良遠江守長在：生まれる（父 相良志摩守頼福） |
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| 長興 | 宝永1(1704) | 頼福（54） 長興（12）：将軍家初見 |
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| 宝永4(1707) | 頼福（57） 長興（15）：従五位下近江守 |
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| 宝永6（1709） | 頼福（59） 長興（17） |
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| 家宣 | 家宣将軍就任 | |||||
| 正徳2(1712) | 頼福（62）：致仕 | |||||
| 頼福 | 長興 | 長興（20）：相良家相続 | ||||
| 家継 | 正徳3（1713） | 家継将軍就任 長興（21） |
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| 享保1（1716） | 長興（24） | |||||
| 吉宗 | 吉宗将軍就任 | |||||
| 長在 | 享保5(1720) | 頼福（70）：卒 長興（28） 長在（18）：将軍家初見，従五位下遠江守 |
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| 享保6(1721) | 長興（29）：致仕 | |||||
| 長興 | 長在 | 長在（19）：相良家相続 | ||||
| 享保18(1733) | 長在（31） 相良志摩守頼峯：生まれる（父 相良遠江守長在） |
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| 享保19(1734) | 長興（42）：卒 長在（32） |
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| 享保20(1735) | 長在（33） 相良遠江守頼央：生まれる（父 相良織部頼直） |
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| 元文3(1738) | 長在（36）：卒 | |||||
| 頼峯 | 頼峯（6）：相良家相続 | |||||
| 延享2（1745） | 頼峯（13） | |||||
| 家重 | 家重将軍就任 | |||||
| 寛延2(1749) | 頼峯（17）：将軍家初見 相良近江守頼完：生まれる（父 秋月佐渡守種美） |
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| 寛延3(1750) | 頼峯（18）：従五位下志摩守 相良越前守福将：生まれる（父 遠山佐渡守友明） |
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| 宝暦1(1751) | 相良壱岐守長寛：生まれる（父 （池田岡山）松平伊予守宗政） | |||||
| 宝暦8(1758) | 頼峯（26）：卒 | |||||
| 頼央 | 頼央（24）：相良家相続，将軍家初見，従五位下遠江守 | |||||
| 宝暦9(1759) | 頼央（25）：卒 | |||||
| 頼完 | 頼完（11）：相良家相続 | |||||
| 宝暦10（1760） | 頼完（12） | |||||
| 家治 | 家治将軍就任 | |||||
| 明和2(1765) | 頼完（17）：将軍家初見，従五位下近江守 | |||||
| 明和4(1767) | 頼完（19）：卒 | |||||
| 福将 | 福将（18）：相良家相続，将軍家初見，従五位下越前守 | |||||
| 明和6(1769) | 福将（20）：卒 | |||||
| 長寛 | 長寛（19）：相良家相続，将軍家初見 | |||||
| 明和7(1770) | 長寛（20）：従五位下壱岐守 | |||||
| 安永3(1774) | 長寛（24） 相良対馬守頼徳：生まれる（父 相良壱岐守長寛） |
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| 家斉 | 天明7（1787） | 家斉将軍就任 長寛（37） |
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| 頼徳 | 寛政6(1794) | 長寛（44） 頼徳（21）：将軍家初見，従五位下志摩守 |
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| 寛政10(1798) | 長寛（48） 頼徳（25） 相良壱岐守頼之：生まれる（父 相良対馬守頼徳） |
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| 享和2(1802) | 長寛（52）：致仕 | |||||
| 長寛 | 頼徳 | 頼徳（29）：相良家相続 | ||||
| 文化10(1813) | 長寛（63）：卒 頼徳（40） |
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| 文政1(1818) | 頼徳（45）：致仕 | |||||
| 頼徳 | 頼之 | 頼之（21）：相良家相続 | ||||
| 文政7(1824) | 頼之（27） 相良志摩守長福：生まれる（父 相良壱岐守頼之） |
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| 天保7(1836) | 頼之（39）：（鴨方）池田信濃守政詮生 | |||||
| 天保8（1837） | 頼之（40） | |||||
| 家慶 | 家慶将軍就任 | |||||
| 天保10(1839) | 頼之（42）：致仕 | |||||
| 頼之 | 長福 | 長福（16）：相良家相続 | ||||
| 天保11(1840) | 長福（17） 相良遠江守頼基：生まれる（父 相良壱岐守頼之） |
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| 嘉永3(1850) | 頼之（53）：卒 長福（27） |
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| 嘉永6（1853） | 長福（27） | |||||
| 家定 | 家定将軍就任 | |||||
| 安政2(1855) | 長福（32）：卒 | |||||
| 頼基 | 頼基（16）：相良家相続 | |||||
| 安政3(1856) | 頼徳（83）：卒 頼基（17） |
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| 安政5（1858） | 頼基（19） | |||||
| 家茂 | 家茂将軍就任 | |||||
| 慶応2（1866） | 頼基（27） | |||||
| 慶喜 | 慶喜将軍就任 | |||||
| 明治1(1868) | 明治維新 頼基（29） |
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| 明治2(1869) | 頼基（30）：版籍奉還 | |||||
| 代 | 名前 | 室 | 婿 | |
| 1 | 相良左兵衛佐長毎 | 秋月筑前守種実の娘 | ||
| 2 | 相良壱岐守頼寛 | 片岡八郎兵衛正秀の娘 | ||
| 相良清兵衛頼兄の娘 | ||||
| 鷲尾宰相隆尚の娘 | ||||
| 3 | 相良遠江守頼喬 | 相良主殿助長秀の娘 | ||
| 鷲尾大納言隆量の娘 | ||||
| 4 | 相良志摩守頼福 | （福島）板倉内膳正重矩の娘 | ||
| 5 | 相良近江守長興 | （日出）木下伊賀守俊量の娘 | ||
| 6 | 相良遠江守長在 | 秋月長門守種弘の娘 | （山崎）本多大和守忠尭 | （七日市）前田丹後守利尚 |
| 7 | 相良志摩守頼峯 | なし | ||
| 8 | 相良遠江守頼央 | なし | ||
| 9 | 相良近江守頼完 | なし | ||
| 10 | 相良越前守福将 | なし | ||
| 11 | 相良壱岐守長寛 | （桜井）松平遠江守忠名の娘 | （新発田）溝口出雲守直侯 | |
| 12 | 相良対馬守頼徳 | （西条）松平左京大夫頼謙の娘 | ||
| 13 | 相良壱岐守頼之 | 亀井隠岐守矩賢の娘 | ||
| 14 | 相良志摩守長福 | 大村豊前守純昌の娘 | ||
| 15 | 相良遠江守頼基 | （米沢）上杉弾正大弼斉憲の娘 | ||
| 徳大寺公純の娘 | ||||
| 夭折嫡子 | ||||
| 相良壱岐守頼泰 | なし | |||
| 相良宮内少輔頼真 | なし | |||